心理咨询师证书的颁发部门因国家和地区的法律法规而异，在许多国家，如美国、加拿大、澳大利亚和欧洲大部分国家，心理咨询师证书通常由专门的职业资格认证机构颁发，这些机构负责制定行业标准，确保心理咨询师具备必要的技能和知识，以便为患者提供高质量的心理治疗服务。

在中国，心理咨询师证书的颁发主要由以下几个部门负责：

1、人力资源和社会保障部(原劳动和社会保障部):人力资源和社会保障部负责制定和管理中国的职业资格证书制度，根据相关规定，从事心理治疗工作的人员需要取得相应的职业资格证书，方可在相关领域开展工作，人力资源和社会保障部对于心理咨询师证书的颁发具有重要意义。

2、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会是一个专业性、学术性和群众性相结合的全国性社会组织，旨在促进心理卫生事业的发展，该协会负责组织和实施心理咨询师的专业培训、考试和评估工作，对于心理咨询师证书的颁发具有一定的监督和管理作用。

3、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局):在人力资源和社会保障部的指导下，各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)负责本地区心理咨询师证书的颁发工作，各级人力资源社会保障厅(局)会与相关机构合作，确保心理咨询师证书的颁发工作顺利进行。

4、国家卫生健康委员会：国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责全国卫生健康工作的管理和监督，虽然国家卫生健康委员会并非直接参与心理咨询师证书的颁发工作，但其对心理卫生事业的支持和监管对于心理咨询师行业的健康发展具有积极意义。

5、其他相关政府部门和行业协会：除了上述主要负责部门外，还有一些其他政府部门和行业协会在心理咨询师证书的颁发工作中发挥着重要作用，教育部门负责组织心理咨询师的专业培训课程，确保培训质量；民政部门负责对心理咨询机构进行登记管理，维护行业秩序。

心理咨询师证书的颁发涉及多个部门和机构，需要各方共同努力，确保心理咨询师具备足够的专业素质和服务能力，为广大患者提供优质的心理治疗服务。