心理咨询师证书发证单位主要由以下几个部门负责：

1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中华人民共和国国务院直属的部门，国家卫生健康委员会负责制定和发布全国卫生行业的政策法规，对心理咨询行业进行宏观监管，根据《心理咨询师职业资格标准》，国家卫生健康委员会是心理咨询师证书的颁发机构之一。

2、人力资源和社会保障部(Ministry of Human Resources and Social Security):人力资源和社会保障部负责制定和管理全国范围内的人力资源管理政策，对心理咨询师职业资格进行认证，根据《心理咨询师职业资格标准》，人力资源和社会保障部是心理咨询师证书的颁发机构之一。

3、中国科学院心理研究所(Institute of Psychology, Chinese Academy of Sciences,简称PI):中国科学院心理研究所是中国心理学研究的最高学术机构，负责组织和实施国家心理学研究计划，对心理咨询师培训和考试进行指导和监督，根据《心理咨询师职业资格标准》，中国科学院心理研究所是心理咨询师证书的培训和考试机构之一。

4、中国心理学会(Chinese Psychological Association,简称CPA):中国心理学会是中国心理学界的学术组织，负责组织和发展全国范围内的心理学学术活动，对心理咨询师职业资格进行认证，根据《心理咨询师职业资格标准》，中国心理学会是心理咨询师证书的颁发机构之一。

5、各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局):各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局)负责本辖区内的人力资源管理工作，对心理咨询师职业资格进行认证，根据《心理咨询师职业资格标准》，各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局)是心理咨询师证书的颁发机构之一。

6、各省、自治区、直辖市教育厅(局):各省、自治区、直辖市教育厅(局)负责本辖区内的教育管理工作，对心理咨询师培训和考试进行指导和监督，根据《心理咨询师职业资格标准》，各省、自治区、直辖市教育厅(局)是心理咨询师证书的培训和考试机构之一。

7、各地职业技能鉴定中心：各地职业技能鉴定中心负责组织和管理本地区的职业技能鉴定工作，对心理咨询师职业资格进行认证，根据《心理咨询师职业资格标准》，各地职业技能鉴定中心是心理咨询师证书的颁发机构之一。

8、各地人才市场：各地人才市场负责提供就业和职业培训服务，对心理咨询师培训和考试进行指导和监督，根据《心理咨询师职业资格标准》，各地人才市场是心理咨询师证书的培训和考试机构之一。

9、各地高校：各地高校负责开展心理学专业教育和科研工作，对心理咨询师培训和考试进行指导和监督，根据《心理咨询师职业资格标准》，各地高校是心理咨询师证书的培训和考试机构之一。

10、社会培训机构：社会培训机构负责开展心理咨询师培训课程，对学员进行系统的理论学习和实践操作训练，根据《心理咨询师职业资格标准》，社会培训机构是心理咨询师证书的培训和考试机构之一。

心理咨询师证书发证单位主要包括国家卫生健康委员会、人力资源和社会保障部、中国科学院心理研究所、中国心理学会等相关部门，以及各省、自治区、直辖市的人力资源和社会保障厅(局)、教育厅(局)、职业技能鉴定中心、人才市场、高校和社会培训机构等，这些部门共同负责制定和实施心理咨询师职业资格标准，对心理咨询师进行培训和考试，颁发心理咨询师证书，以确保心理咨询行业的健康发展。