心理咨询师证书发放机构主要由以下几个部门负责：

1、国家人力资源和社会保障部(简称人社部):人社部是国务院组成部门，负责制定和实施国家职业资格证书制度，根据《中华人民共和国职业技能鉴定法》和相关规定，人社部负责对心理咨询师进行职业资格认定，颁发心理咨询师职业资格证书。

2、国家卫生健康委员会(简称卫健委):卫健委是国家卫生健康委员会的简称，主要负责制定和实施国家卫生健康政策、法规和标准，卫健委还负责对心理健康专业人员的培训、考核和资质认定，以确保心理咨询师的专业素质和能力。

3、教育部：教育部是国务院组成部门，负责制定和实施国家教育政策、法规和标准，教育部还负责对高校心理学专业教师的培训、考核和资质认定，以确保心理咨询师的教育水平和教学质量。

4、中国心理学会(简称心理学会):中国心理学会是一个全国性的学术组织，由国内外心理学工作者自愿结成，心理学会负责组织和管理心理咨询师的职业资格认证工作，包括考试、培训、教材编写等，心理学会还负责推广和发展心理学事业，提高心理咨询师的专业地位和社会认可度。

5、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局):各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)负责本行政区域内的心理咨询师职业资格认定工作，各级人力资源社会保障厅(局)需按照国家和省级有关规定，组织实施心理咨询师职业资格考试，对合格者颁发职业资格证书。

6、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(简称卫健委):各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责本行政区域内的心理健康专业人员的培训、考核和资质认定工作，各级卫健委需按照国家和省级有关规定，组织开展心理咨询师的培训和考核，对合格者颁发心理咨询师证书。

7、各省、自治区、直辖市教育厅(局):各省、自治区、直辖市教育厅(局)负责本行政区域内高校心理学专业教师的培训、考核和资质认定工作，各级教育厅(局)需按照国家和省级有关规定，组织开展心理学专业教师的培训和考核，对合格者颁发心理咨询师证书。

8、各行业协会和专业委员会：各行业协会和专业委员会作为行业自律组织，负责组织和管理本行业的心理咨询师职业资格认证工作，这些组织可以通过组织培训、考试等活动，推动心理咨询师的专业发展和行业规范化。

9、企事业单位和社会组织：企事业单位和社会组织可以自主开展心理咨询师的培训和考核工作，对合格者颁发心理咨询师证书，这些单位和组织可以通过与高校、科研院所等合作，提高心理咨询师的专业素质和能力。

心理咨询师证书发放机构主要包括国家人力资源和社会保障部、国家卫生健康委员会、教育部、中国心理学会、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市教育厅(局)、各行业协会和专业委员会以及企事业单位和社会组织等，这些部门共同参与和管理心理咨询师的职业资格认证工作，确保心理咨询师的专业水平和服务质量。