针灸理疗师证书颁发机构是指负责对针灸理疗师进行专业培训、考核和认证的组织，在中国，针灸理疗师证书颁发机构主要包括以下几种：

1、人力资源和社会保障部(简称人社部):人社部是国务院组成部门之一，负责制定和实施国家职业资格证书制度，根据《中华人民共和国职业技能鉴定条例》规定，人社部负责对职业技能鉴定机构进行管理和监督，对职业技能鉴定工作进行指导和协调，针灸理疗师证书颁发工作属于职业技能鉴定范畴，因此人社部具有颁发针灸理疗师证书的权利和职责。

2、国家卫生健康委员会(简称卫健委):卫健委是国务院组成部门之一，负责全国卫生和健康事业的管理和监督，根据《中华人民共和国卫生健康事业发展“十三五”规划纲要》和《中华人民共和国中医药法》，卫健委将中医药事业发展纳入国家战略，支持和发展中医药事业，针灸作为中医药的重要组成部分，卫健委在推动针灸理疗师职业发展方面发挥着重要作用。

3、中国中医科学院针灸研究所：中国中医科学院针灸研究所是我国著名的针灸科研机构，具有丰富的针灸理论研究和临床实践经验，该所负责开展针灸理疗师的专业培训和考核工作，对合格的学员颁发针灸理疗师证书，中国中医科学院针灸研究所还积极参与国际针灸学术交流和合作，推动针灸在全球范围内的发展。

4、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在地方层面负责本行政区域内的卫生健康工作，其中包括中医药事业的发展，各地卫生健康委员会根据国家和地方有关规定，组织开展针灸理疗师的培训和考核工作，对合格的学员颁发针灸理疗师证书。

5、各省、自治区、直辖市中医药管理部门：各省、自治区、直辖市中医药管理部门负责本行政区域内的中医药管理工作，其中包括中医药人才的培养和发展，各地中医药管理部门根据国家和地方有关规定，组织开展针灸理疗师的培训和考核工作，对合格的学员颁发针灸理疗师证书。

6、其他相关行业协会和组织：如中国针灸学会、中国民间中医医药研究开发协会等，这些协会和组织在推动针灸理疗师职业发展方面也发挥着重要作用，它们通过组织各类培训和活动，提高针灸理疗师的专业水平，为学员提供学习和交流的平台。

针灸理疗师证书颁发机构主要包括人社部、卫健委、中国中医科学院针灸研究所以及各省、自治区、直辖市卫生健康委员会等单位，这些机构共同致力于推动针灸理疗师职业发展，提高针灸理疗服务水平，为广大患者提供优质的中医针灸治疗服务。