伤寒的基本治则可概括为以下几个方面：
一是治病求本，本于阴阳。《伤寒论》继承和发扬了《内经》治病求本，本于阴阳的精神，对每一病证，均遵照审证求因的原则，辨其病因之阴阳、病性之阴阳、病位之阴阳，然后按照病因、病性、病位的阴阳属性确定其相应的治法，提出了一系列论治的方法与规律。
二是祛邪扶正，分清主次。一般而言，三阳病属表，属热，属实，正盛邪实为基本矛盾，故以祛邪为主；三阴病属里，属寒，属虚，正虚邪恋为基本矛盾，故以扶正为主。但疾病是复杂的，治则也须据病情而定，何时祛邪，何时扶正，或以祛邪为主，或以扶正为主，必以病情虚实状况为依据。
三是调和阴阳，以平为期。六经病证，不论采取扶正，还是祛邪，无论是正治，还是反治，皆以协调阴阳，以平为期为准则。
四是明确目标，分清缓急。病有标本，证有缓急，故治有先后。一般情况重在治本，此是论治之大法，但在特殊情况下又要急则治标，此是灵活之变法。先表后里为常法，而先里后表为变法，表里兼治为权宜之法。
五是正治反治，依证而行。大多数情况下，表象与本质相符，故多用正治法；但若有疾病表象与本质不一致，如真寒假热证，即当用反治法。
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