中医针灸师证办理机构主要包括以下几个单位：

1、卫生行政部门：卫生行政部门是负责中医药行业管理和监督的部门，主要职责包括制定中医药行业的发展规划、政策和标准，组织实施中医药行业的各项培训和考核工作，以及对中医药行业进行监督管理，在中医针灸师证的颁发和管理方面，卫生行政部门具有最终决定权。

2、中医药行业协会：中医药行业协会是一个非营利性的社会团体组织，旨在加强中医药行业内部的交流与合作，推动中医药事业的发展，中医药行业协会负责组织中医药行业的培训、考核、认证等工作，对于中医针灸师证的办理具有一定的影响力。

3、职业培训机构：职业培训机构是为提高劳动者职业技能而设立的教育培训机构，主要负责开展各类职业技能培训课程，在中医针灸师证的办理过程中，职业培训机构会承担一部分培训任务，为学员提供专业的理论知识和实践技能培训。

4、高校和科研院所：高校和科研院所是中医药行业人才培养的重要基地，拥有丰富的教育资源和科研实力，在中医针灸师证的办理过程中，高校和科研院所会承担一部分教学任务，为学员提供系统的专业课程学习。

5、企事业单位：企事业单位是中医药行业的服务对象，也是中医针灸师的主要工作场所，企事业单位负责为中医针灸师提供实际工作机会，帮助他们提升业务水平，在中医针灸师证的办理过程中，企事业单位会对学员的实际工作能力进行考核，以确保证书的真实性和有效性。

6、社会执业机构：社会执业机构是为满足社会对中医针灸师的需求而设立的服务机构，主要包括中医诊所、康复中心等，在中医针灸师证的办理过程中，社会执业机构会对学员进行实习和考核，以确保学员具备独立从事中医针灸工作的能力和水平。

7、其他相关机构：除了上述几个主要单位外，还有一些其他相关机构也参与到中医针灸师证的办理工作中，如中药材种植基地、中药饮片生产企业、中医药医疗器械生产企业等，这些单位在一定程度上也为中医针灸师证的办理提供了支持和保障。

中医针灸师证的办理涉及多个部门和单位的协同合作，需要各个环节共同努力，确保证书的真实性和有效性，随着中医药行业的不断发展和变革，中医针灸师证的办理机构也将不断完善和发展。