中医针灸师证办理机构主要分为以下几类：

1、中医药管理部门：各级中医药管理部门负责中医针灸师的资格认证工作，这些部门包括国家中医药管理局、省、市、县等地方中医药管理部门，在这些部门办理中医针灸师证，需要提交相关材料，经过考试和实践操作考核合格后，方可获得证书。

2、中医药高等院校：一些中医药高等院校设有中医针灸专业，学生在校期间学习理论知识和实践技能，毕业后可获得中医针灸师资格证书，这些高校还为社会提供中医针灸师培训课程，帮助有志于从事中医针灸工作的人员获得资格证书。

3、中医药职业培训机构：部分中医药职业培训机构也提供中医针灸师培训课程，学员在完成培训后，可以参加由中医药管理部门组织的中医针灸师资格考试，通过考试后获得证书。

4、民营中医针灸诊所：一些民营中医针灸诊所为了提高自身的服务水平和竞争力，会要求其医师具备中医针灸师资格证书，在这些诊所工作并取得中医针灸师证书的人员，可以在该诊所合法执业。

5、其他相关机构：除了上述几类机构外，还有一些其他相关机构也提供中医针灸师证办理服务，如行业协会、职业技能鉴定中心等，这些机构的办理流程和要求可能与前述机构有所不同，具体情况需要咨询相关机构了解。

想要办理中医针灸师证的人员，可以选择向以上提到的各类机构进行咨询和报名，在办理过程中，务必按照规定提交相关材料，参加考试和实践操作考核，确保自己的资格认证工作顺利进行，建议在选择办理机构时，要充分了解该机构的资质、师资力量、教学质量等方面的情况，以确保自己能够获得高质量的培训和服务，顺利取得中医针灸师证书。