急性感染发作期或有全身感染者，可在医生指导下使用抗生素进行治疗，比如头孢他啶、头孢呋辛酯片、头孢克肟、头孢克洛、甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等药物。但这种消炎药只能暂时改善局部不适，长期使用容易产生耐药性以及副作用，效果不显著，所以一般没有明显症状时，是不会使用消炎药进行治疗的。肛瘘的治疗一般首选手术治疗，包括瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。