胎儿肠管回声增强的最坏的后果是胎儿的染色体畸形，会导致13、18、21三体及性染色体异常的风险性增加。但是出现这种现象，最常见的是由于疱疹病毒、小细胞病毒、巨细胞病毒等病毒的感染所致，还可以考虑是由于羊膜腔内出血、先天性肠管畸形等因素导致。此时需要及时进行无创DNA等检查，及时排除胎儿的畸形发育，还需要注意胎儿的其它解剖结构、胎盘位置的检查，明确胎儿的生长发育的表现。