生殖器疱疹和毛囊炎的区别主要包括以下方面：一、发病原因不同，生殖器疱疹主要是由于不洁性行为传染，而毛囊炎是由于局部长时间摩擦刺激及个人卫生习惯不好导致病原体侵入感染。二、预后效果不同，生殖器疱疹不能彻底治愈，较易复发，毛囊炎可以彻底治愈。三、病灶表现不同，生殖器疱疹病毒感染会导致皮肤或者黏膜部位出现水疱样改变，毛囊炎会使毛囊附近出现红肿的现象。