大便的时候肛门疼痛怀疑是肛裂的可能性较大，长期便秘导致粪便过粗过硬会引起肛裂，还有可能是内括约肌痉挛造成的；而对于混合痔、肛窦炎以及肛周脓肿也会导致肛门疼痛。您可以使用温水清洗局部，缓解肛门不适感，同时要到医院的肛肠科检查。当明确患有肛瘘，通过涂抹硝酸甘油膏、痔疮膏以及高锰酸钾溶液坐浴治疗。治疗期间要保证水分的补充，不要吃辛辣刺激的食物。