雷公藤的副作用是刺激胃肠道，导致胃痛、腹泻等不良的胃肠道表现；还会出现药疹、结节性红斑等皮肤损害的现象；并且会影响肾脏功能，出现少尿、蛋白尿等现象；此外在使用雷公藤后，还可能会引起白细胞、血小板或血红蛋白下降等骨髓抑制的表现；会导致转氨酶升高，影响正常的肝脏功能。此外男性患者在使用后会出现精子减少的现象，女性患者则可能会出现闭经等不良的表现。