近视手术后遗症可见矫正过度或者是矫正不足引起的屈光回退，这种情况一般不能完全达到手术的目的。部分患者术后还可见明显的干眼症，经常性觉得眼睛干涩疲劳，因此术后需要持续使用一段时间的眼药水预防干眼症。有少部分患者还可见角膜层间碎屑清除不干净、角膜神经上皮细胞病变、角膜感染、继发性青光眼、弥漫性角膜炎等相关的并发症，但大部分并发症可以控制。