藿香正气水具有一定的禁忌，比如对酒精过敏的患者不建议使用此药物，避免出现病情加重的现象。其次需要注意藿香正气水不能够与头孢类的药物同时服用，比较容易出现双硫仑样反应，除此之外，还不能与奥美拉唑以及甲硝唑、氯霉素等药物同时服用。在使用药物期间需要保证饮食的合理，不要吃辛辣刺激的食物，以及油腻的食物，儿童以及孕妇需要在医生的指导下服用。如果发现本品的药物性状发生变化，则不能够服用。