亚急性甲状腺炎有自愈的可能，此病具有自限性，部分患者发病后的几周或几个月，疾病的症状能够缓解，甲状腺功能也可以恢复正常，但是有少部分患者可能会出现永久性的甲状腺功能减退症。此病的治疗主要是缓解症状，如果患者出现局部疼痛，可以口服非甾体抗炎药，常用的有布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等，如果出现甲亢的症状可以口服盐酸普萘洛尔片。