小男孩小便疼可能和以下几种原因有关：一、泌尿系统感染。如果孩子患有尿道炎、膀胱炎、肾炎、输尿管炎等疾病，在排尿的时候泌尿系统黏膜受到刺激，从而出现排尿疼痛的症状。二、泌尿系统结石。如果孩子有尿道结石、膀胱结石、肾积水、输尿管结石等疾病，在排尿的时候也会感觉到疼痛。三、上火。如果孩子平时经常吃辛辣刺激性的食物，不喜欢喝水，导致上火，在排尿的时候也可能感觉到尿道刺痛。