慢性结肠炎可以由多种原因导致。如患者平时饮食不规律，经常吃刺激性的食物、或长期保持高脂肪、高蛋白饮食习惯；平时长期压力过大，有紧张、焦虑、抑郁的行为造成免疫力的下降，肠道菌群紊乱导致炎症反复发作；另外长期口服非甾体类抗炎药、避孕药等药物，可能会造成肠道黏膜受损引起疾病；此病和遗传因素有一定的关系，如一级亲属患有疾病，家庭成员患病率会明显高于普通人员。