肛瘘的鉴别诊断是肛裂、直肠肛管周围脓肿。肛裂患者会出现三联征，如肛裂、前哨痔、肛门乳头肥大，这些特点可以与肛瘘进行鉴别。而直肠肛管周围脓肿是急性化脓性感染，肛瘘是这种疾病破溃后，长时间没有愈合，形成的慢性病变。建议患者出现肛瘘的时候，可以通过肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切除术治疗，患者平时还可以用温水或高锰酸钾溶液坐浴，另外还要涂红霉素软膏预防感染。