卵巢囊肿和畸胎瘤的区别有很多，首先是病因，卵巢囊肿病因比较明确，主要是受到遗传因素、内分泌因素、生活环境等影响引起的疾病，而畸胎瘤病因尚未明确，但考虑和胚胎期生殖细胞异常分化有关，其次畸胎瘤的类型有很多，包括了颅内畸胎瘤、胃畸胎瘤等，不同类型症状也存在差异，如胃畸胎瘤会伴有腹胀、呕吐、呕血等症状，而卵巢囊肿主要会出现腹内包块、压痛、腹水等症状，是比较容易分辨的。