细菌的结构中并没有细胞核，只有一种细胞器，即核糖体，属于单细胞的生物。真菌不仅具有细胞核、核糖体，还具有中心体、内质网线粒体、高尔基体等多种细胞器，属于真核细胞。其次，细菌没有染色体，其中的DNA单独存在的，而真菌中的细胞核中包含了DNA。此外，两者还可根据分类方式进行区分，细胞是通过有丝分裂产生，真菌可以通过孢子生殖或者出芽生殖等多种分裂方式繁殖。