人乳头瘤病毒39型阳性是否严重要根据患者病毒感染的时间以及程度决定。人乳头瘤病毒39型是黏膜高危型感染，如果患者感染的时间较短，感染程度比较轻，一般不是很严重，患者可以在医生的指导下使用抗病毒、提高机体免疫力类的药物进行治疗，比如咪喹莫特乳膏、胸腺肽等；但如果患者持续受到高危型人乳头瘤病毒39型的感染，且存在宫颈癌前病变等情况，是比较严重的，患者需要尽早采取手术等治疗。