患者出现扁平疣的时候可以先进行药物治疗，应遵医嘱使用水杨酸的药物，其可以促进局部表皮脱落，也可以联合维A酸类药物以及干扰素凝胶进行治疗。这种疾病主要是人乳头瘤病毒感染引起，也可以运用免疫调节剂进行抗病毒治疗。如果患者药物治疗的效果较差，还应入院进行自体免疫疗法、手术治疗，或者进行冷冻、激光、刮除术以及光动力疗法等物理治疗来去除疣体组织。