急性肠胃炎主要是针对感染以及症状进行用药治疗。患者出现腹泻可以使用蒙脱石散、布拉氏酵母菌、双歧杆菌、洛哌丁胺等药物控制，一般病毒感染引起的无需应用抗感染药物治疗。如果明确是细菌感染引起的患者需要根据细菌培养结果来选用针对性的抗生素治疗，如诺氟沙星、环丙沙星、头孢曲松、阿奇霉素等。同时口服补液盐，防止机体脱水，严重的患者需静脉补液。