如果患者在半夜三点出现咳嗽的情况，首先需要考虑是否患有肺结核。肺结核的临床表现主要为在夜间和凌晨出现咳嗽的情况，并且还伴有潮热、盗汗、痰中带血等症状。如果患者咳嗽的时间比较短，则有可能患有过敏性鼻炎或者咽喉炎，也不排除变异性哮喘的可能。如果患者的肺部出现了感染性的疾病，例如支气管炎、肺炎等，也会在半夜出现咳嗽的现象。患者需要及时前往正规的医院进行检查，再根据病因进行相应的治疗。