导致耳朵深处疼的原因有很多，主要包括以下几点。一是耳朵内部神经痛。二是中耳炎等耳道疾病引起的。三是耳部患有肿瘤引起的。四是耳道疖肿引起的肿胀化脓，从而导致的耳朵深处疼。五是平时用木棒或者手指甲等，进行不正确的清洁，造成的耳道损伤。建议患者平时要用正确的方式清洁耳朵。如果是疾病引起的耳朵深处疼痛，建议患者及时前往医院就医，避免耽误治疗。