怀孕三个月头痛可以通过下列方法进行处理：1*平时要养成良好的生活习惯，注意多休息，保证充足睡眠，避免情绪紧张。2*若是头痛伴有鼻塞或是流涕等症状，考虑是由于感冒引起的，建议去医院进行血常规检查。3*如果伴有体温上升的情况，应及时进行降温处理。4*若是患者头痛剧烈，考虑可能是神经系统出现了问题，建议及时到医院神经内科就诊。平时要合理饮食，注意保暖，定期检查。