黄连上清丸主要功效是清热泻火、润肠通便、疏风止痛等，由于此药由黄连、栀子、菊花、薄荷等中药研制而成，所以其主要作用是治疗上焦内热引起的不适症状，如头晕、牙龈肿痛、耳鸣、大便干燥等，对提高患者的生活质量与健康有好处。黄连上清丸主要副作用是引起部分人出现过敏反应，如皮肤瘙痒、红肿等；而少部分人服用此药后可出现腹泻、恶心、反胃等消化道不良反应。