吴茱萸具有疏肝下气、温脾止泻、散寒止痛的功效，在临床上的应用范围比较广泛，可以用于治疗腹胀、腹痛、女性痛经、口腔溃疡、伤寒引发的呕吐等病症。而且吴茱萸性质温和，对于肝寒气滞所引发的胃部疼痛有较好的治疗作用。吴茱萸还可以用于治疗消化不良、高血压、皮肤性疾病等病症，尤其是神经性皮炎或者湿疹等疾病，有止痒的功效。日常使用时需要注意阴虚火旺者不宜使用。