一般耐多药肺结核的诊断、治疗难度比较大，可使疾病延迟治疗，进而让病情进一步发展，最终造成肺组织破坏，甚至是出现远处播散的情况，包括肺空洞坏死，可造成消化系统、骨等多处结核播散，一般愈后不佳，且有严重的后遗症。另外，耐多药结核患者存在结核菌排出现象，不仅传染性强，而且传染周期也比较长。而耐多药肺结核，治疗多用二线药以及高级的药物，所以治疗费用昂贵，长期应用多种药物还容易产生药物的副作用，最后患者可因抗结核药物治疗无效，而死亡。