先兆流产的原因主要见于母体怀孕期间出现高热、严重感染、高血压、严重贫血、糖尿病等其他急慢性疾病导致。也考虑是由于母体自身激素水平异常，比如黄体功能不足等，导致孕激素水平下降引起。其次母体的宫腔粘连、子宫畸形或有其他占位性病变也会导致流产；在怀孕期间腹部受创或暴力撞击、长期吸烟酗酒或吸毒、接触有害物质等因素也会影响胎儿的正常发育，造成先兆流产。除此之外，胎儿的染色体异常也是发生先兆流产的主要原因，包括数量异常以及结构异常。