中药厚朴长期大量使用会引起腹泻和大便溏稀的症状，还会对肠胃器官造成不良的刺激，同时诱发气虚等病症。厚朴在药物和食物搭配上也有禁忌，比如在药物上不能与泽泻、消石等中草药搭配，会产生药物冲突，诱发很多副作用。在食物上不能与豆制品一同食用，二者相遇会形成难以消化的鞣质蛋白。禁忌孕妇和婴幼儿服用，厚朴有下气作用容易导致孕妇先兆性流产，而婴幼儿发育不完善，厚朴药性较猛烈以免带来药物的不良影响。