有些高位肛瘘或复杂性肛瘘，容易出现后遗症如肛门失禁、肛门前移变形、肛门直肠角弯曲及直肠脱出等。其中术后的并发症包括出血，一般术后有少量渗血是正常的，但如果有较大的血管破裂出血，需要进行结扎缝合。另外是感染，术后不注意换药与坐浴，加上粪便很容易造成感染。此外是尿潴留，部分老年人会在术后24消失出现。术后注意休息，按时换药，保持伤口干净卫生。