三个月宝宝睡觉老是摇头主要是因为在新生儿期的孩子容易经常出现惊厥的现象，因此就会出现摇头的症状，通常是由于婴儿的其神经系统发育尚不完善所引起的，会随着年龄的增长会自然消失。其次，如果室内的温度过高导致宝宝的头部太热太痒，就会摇头的症状。另外，宝宝头部患有湿疹时，也会出现总是摇头的现象。如果宝宝的体内有缺乏维生素D，也会出现此类症状，需要带孩子到医院检查微量元素、维生素D，测定骨密度。