肛门里面疼最常见的就是肛窦炎，在肛窦的部位非常容易聚集粪便残渣，导致细菌严重滋生，出现较为严重的炎症反应，或者是人体的抵抗力下降，导致炎症加重，从而引起肛门疼痛；肛门里面疼还有可能是由于大便干结严重，强行排出的时候，损伤直肠和肛管，导致疼痛；如果患有内痔，在排便的时候导致直肠受到严重的挤压，引起肛门内疼痛；长期出现肛门里面疼痛，最好去医院进行检查，明确肛门内疼痛的原因。