肝内胆管结石一般是不会自愈的，若不及时治疗，容易导致病情进一步加重。肝内胆管结石的发生与胆道感染、胆道寄生虫、胆汁淤滞、胆道畸形等因素有关。治疗上可给予排石、利胆、止疼药治疗，有高热症状的患者还可以给予退热药治疗。若是经药物治疗后无效，可考虑行手术治疗，如做肝切除术、胆管切开取石术、胆管整形胆肠吻合术等，病情严重的，伴有门静脉高压、胆汁性肝硬化的患者，还可考虑行肝移植术治疗。