病毒性结膜炎和细菌性结膜炎主要区别是致病菌不同，一个是细菌感染引起，一个是病毒感染引起。其次，两者治疗方法也存在不同，细菌性结膜炎可以遵医嘱使用抗生素眼药水进行治疗，如左氧氟沙星，一般一周左右症状可以消失。病毒性结膜炎需遵医嘱使用抗病毒眼药水，如阿昔洛韦滴眼液，患者需保持眼部清洁干燥，避免用手触摸眼睛。患者治疗期间多饮水，避免摄入辛辣刺激的食物，保持眼部清洁干燥，避免用水去触摸眼睛，注意休息。