咽喉囊肿是否会自己消失还是要根据具体情况进行具体分析的，例如体积较小的咽喉囊肿是会自行消失的。临床上大部分咽喉囊肿的患者都是在做身体检查的时候无意肿发现的，对于小的咽喉囊肿一般无需进行特殊处理，可以定期复查，例如在一个月或三个月左右的时候复查一次电子喉镜，观察囊肿是否有变大，若没有继续随诊观察即可；但如果咽喉囊肿较大，同时还伴有呼吸困难、吞咽困难等不适症状，此种情况一般很少会自行消失，应及时进行手术切除治疗才行。