飞秒激光近视手术的弊端首先是眼睛感染，这主要与术后没有注意眼部卫生导致；其次，进行激光手术过程中，如果对角膜的切削不足或过多，也会导致过度矫正或矫正不足的现象，严重可能会造成角膜穿孔；此外，个别近视者在进行激光矫正手术后，可能会出现散光、圆锥角膜、角膜瓣不规则、眼睛炫光等现象。所以建议近视者选择专业正规医院进行此手术，并且术后注意眼部护理、合理用眼有利于预防不良现象。