肝囊肿患者一般在前期自感无异常症状，故不会产生明显的负面影响。如囊肿持续性发展，则有可能因肝脏细胞持续受刺激出现纤维化及肝脏的炎性细胞浸润，形成肝纤维化及肝炎，后期甚至可形成癌变。另外囊肿后期可有明显的形态变化，可因压迫临近脏器及胃肠道，导致消化障碍及食后饱胀、恶心、呕吐等，还可出现持续性的上腹隐痛。此外也可由于影响血液循环导致门静脉高压、黄疸等，如若出现破裂，甚至可引起腹腔积液。