怀孕三个月做人流对身体的伤害比较大。人流适用于妊娠不足十周的女性，怀孕三个月已经超过十周，一般无法做人流，可能要做引产手术。无论是人流手术还是引产手术，都会对子宫内膜造成伤害，中途终止妊娠还会扰乱人体正常的内分泌。如果流产或引产手术操作不当，导致子宫内膜损伤严重，可能会出现大出血以及不孕的情况。如果暂时不想要孩子，同房时要做好避孕措施，避免意外怀孕。