儿童手指甲凹凸不平的原因有很多：一，营养不良。如果孩子平时比较挑食，导致营养摄入不均衡，缺乏锌、维生素B等营养物质，就会出现指甲凹凸不平的情况。二，真菌感染。孩子的免疫力比较差，很容易受到病菌感染，指甲受到真菌感染后指甲会变得凹凸不平，还可能出现指甲增厚等情况。三，甲床先天发育异常。有些孩子可能因为染色体的原因，甲床先天就是有问题的，长出来的指甲也就是不健康的。