孕酮低不会导致胎儿畸形，但是会导致先兆流产或者难免流产的情况发生。因为怀孕期间孕酮有很重要的作用，可以抑制宫缩，降低子宫的刺激，减少对胎儿的影响。此外还可维持保证胎儿的营养，是维持妊娠的重要物质。因此如果出现孕酮低的情况需要及时进行保胎治疗。如果胎儿出现畸形，可能是受遗传因素、药物副作用因素、环境因素、疾病因素、母亲的年龄因素等影响。