目前尚无循证医学证据支持单纯性肝囊肿的最佳治疗方案。 现在超声波科介入，提取后一般注入酒精，这是现在采取最多的方式。
不需要处理偶然发现的没有症状的肝囊肿。
即使超过5 cm，甚至是十几厘米的囊肿，患者也会感到上腹部膨胀不舒服、隐痛或轻度钝痛。 这种情况必须在超声波监视器的引导下穿刺经皮囊肿，提取囊肿。
有些囊肿壁细胞没有被破坏，囊肿又会回来。 据观察，不到10天就回来了，很快。 加上出血、感染、破裂，很快就会成长。
囊肿“开窗术”适用于囊肿位于肝浅层，无感染或胆管与囊肿不交通的情况。 切除囊肿顶壁的一部分(即“打开窗户”)，吸引囊液，将囊腔开放到腹腔内。
囊肿合并感染或囊内有陈旧性出血时，打开窗户后清扫囊腔，将部分带蒂大视网膜塞入囊腔，腹腔内“烟卷”引流。
当胆汁被囊液染色时，要清扫囊腔，确认胆汁没有持续泄漏后，用上述方法进行大视网膜堵住囊腔。 但是，也有不能剖腹手术的患者。 这是穿刺抽取术。
其实现在很多消化科都有超声波引导穿刺，把囊液吸干净后注入酒精，让患者多方向活动，酒精就能接触整个囊壁，破坏囊壁细胞。 这是很简单的方法，费用也不高。
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以上治疗方法实际上证明哪个是最好的证据不多。 因此囊肿治疗相对多的随访很重要。
直径在5cm以下的大部分都是跟进，很多人到了几乎5cm就停止成长，无限成长的只有个别。 因此，关于单纯性肝囊肿，从现在的观点来看，对人的影响效果小，危害也小，癌变也少，但不能说反复感染后也有癌变的可能性。
