若是肠道菌群失调引起慢性肠胃炎，需要服用双歧杆菌三联活菌散等药物治疗，可有效缓解机体不适症状；若是因为感染因素引起，则需要使用免疫抑制剂、氨基水杨酸制剂、抗生素类药物治疗，如美沙拉嗪、环孢素等。所以，只有针对致病因素采取对症治疗，才可有效、快速治疗疾病，缓解机体腹泻、腹痛等不适症状。除上述药物治疗外，患者还应根据自身病情，遵医嘱服用解痉止痛、胃粘膜保护剂等药物辅助治疗，如阿托品、奥美拉唑等。