如果是病原体感染引起的发烧39度，则一般不会烧坏身体，宝宝的体温中枢调节功能较差，感染后还可能会出现发烧到40度的现象。病原体感染后可能会诱发脑炎或者脑膜炎等疾病，则可能会对大脑功能产生一定的损伤。宝宝发烧39度的时候要进行药物降温治疗，细菌感染者需要使用抗生素、布洛芬等药物来治疗，同时还应联合物理降温治疗，使用温水毛巾进行全身擦拭。