新生儿脑膜炎的后遗症一般与损伤部位有关：1、损伤在大脑：极有可能影响孩子的智力，出现智力低下、反应迟钝、理解能力差、说话不清等后遗症，部分患儿可见脑性低钠血症等症状。2、损伤到脑神经：可能导致失明、肢体运动障碍、下肢无力等症状，严重的可能导致癫痫。3、损伤在脊髓：可见脑积水，极少数可能出现瘫痪等后遗症。一般情况下，轻度脑膜炎通常预后良好，重度和极重度的脑膜炎，及时积极的治疗，也能够降低一定后遗症的几率。