在进行室间隔缺损手术后可能会出现后遗症，比较严重的有是主动脉瓣反流、房室传导阻滞、残余分流等，但是一般患者在手术的预后良好，是否会出现并发症与手术的时机等因素有关。如果在术后出现了较大的残余分流，通过手术治疗或介入治疗将残余分流封堵；如果在术后出现了严重的房室传导阻滞，则可以通过安装心脏起搏器的方式缓解心律失常的表现。