眼部出现扁平疣的情况下，如果疣体的数量较少，可以选择在局部涂抹异维A酸软膏、咪喹莫特等药物。如果局部疣体数量较多，可以采取二氧化碳激光、液氮冷冻等方式进行治疗。必要时还要配合应用抗病毒药物和免疫调节剂。因为扁平疣的形成一般与病毒感染有关，平时一定要保持局部清洁卫生，使用过的毛巾都要进行高温消毒。还要避免用手对扁平疣进行挤压，否则很容易引起病情扩散，引起交叉感染。