吞咽口水时疼痛通常是由于急性咽炎所致，与经常食用辛辣刺激性的食物、受凉等因素有关。因为急性咽炎会导致咽干、咽痒、咽痛，患者在吞口水的时候，咽喉部位的肌肉会进行活动，从而使咽喉部位疼痛的症状更加明显。当机体免疫力下降使呼吸道受到病毒细菌的入侵而导致扁桃体炎时，也会出现这样的症状。因为扁桃体炎会使咽喉部位的粘膜出现水肿的现象，吞咽口水的时候，口水会刺激到局部黏膜，从而会引起疼痛的症状。