慢性肠炎若是因为细菌感染造成的疾病，可以服用红霉素、庆大霉素以及头孢菌素等药物去治疗；若是寄生虫感染造成的疾病，可以选择吡喹酮去治疗；若是真菌感染造成的疾病，可以使用制菌霉素以及两性霉素去治疗。服用制菌霉素患者可能出现乏力、恶心、腹泻等表现，本身对该药物过敏的患者禁止使用该药。若是患者出现了腹痛、肠痉挛等表现，需要遵医嘱使用解痉镇痛的药物，如山莨菪碱等去治疗。